環形RNA的生物信息計算與應用研究吳靜宋曉峰 9787122449924 【台灣高等教育出版社】

Name: 環形RNA的生物信息計算與應用研究 吳靜 宋曉峰 9787122449924 【台灣高等教育出版社】
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書名：環形RNA的生物信息計算與應用研究
ISBN：9787122449924
出版社：化學工業
著編譯者：吳靜宋曉峰
頁數：176
所在地：中國大陸 *此為代購商品
書號：1642698
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內容簡介

本書介紹了環形RNA全長轉錄本序列重構和定量演算法CircAST，該演算法通過計算不同組織、不同疾病狀態下環形RNA轉錄本完整的序列組成和內部結構以及對環形RNA基於轉錄本水平的精確定量，幫助研究者更有效地篩選出具有潛在功能的環形RNA可變剪接異構體，為更加精準地全面解析環形RNA全長轉錄本提供了重要的工具，對環形RNA功能的深入研究具有重要意義。本書可供生物信息學、系統生物學、計算生物學等學科的研究人員參考，也可作為高等院校相關專業的教材或教學參考書。

第1章緒論
1 1 環形RNA概述
1 2 環形RNA的生物學功能
1 3 環形RNA的識別計算
1 4 環形RNA內部結構的探索及定量估計研究
第2章環形RNA全長轉錄本序列組裝的計算研究
2 1 引言
2 2 基於EMPC演算法的環形RNA全長轉錄本序列重構方法
2 2 1 基於參考基因組的轉錄本組裝
2 2 2 環形RNA全長轉錄本序列組裝
2 3 模擬數據驗證
2 3 1 環形轉錄組測序模擬數據生成工具
2 3 2 模擬數據集
2 3 3 演算法性能評估
2 3 4 環形RNA轉錄本重構的複雜性分析
2 4 實驗驗證
2 4 1 小鼠睾丸環形RNA測序數據的準備
2 4 2 小鼠睾丸環形RNA組裝結果
2 4 3 用RT-PCR和Sanger測序對組裝結果進行驗證
2 4 4 演算法對真實數據的重構效率分析
2 5 與現有演算法的比較
2 6 小結
第3章環形RNA轉錄本定量計算研究
3 1 引言
3 2 基於EM演算法的環形RNA轉錄本定量計算方法
3 3 模擬數據驗證
3 3 1 模擬數據集
3 3 2 演算法性能評估
3 4 實驗驗證
3 5 與現有演算法的比較
3 6 人細胞系、小鼠睾丸和原雞肌肉中環形RNA的表達與分析
3 7 小結
第4章小鼠睾丸和卵巢中環形RNA全長轉錄本表達譜分析
4 1 引言
4 2 材料和方法
4 2 1 樣本數據集的製備
4 2 2 環形RNA全長轉錄本序列組裝和定量分析
4 2 3 環形RNA可變剪接體的差異表達分析
4 2 4 功能富集分析
4 2 5 circRNA-miRNA-mRNA調控網路構建
4 3 結果
4 3 1 小鼠睾丸和卵巢組織中環形轉錄本的概貌
4 3 2 小鼠睾丸和卵巢組織中環形轉錄本的表達特徵
4 3 3 對差異表達環形轉錄本的分析
4 3 4 circRNA-miRNA-mRNA相互作用調控網路
4 4 小結
第5章人腦膠質瘤樣本中環形RNA全長轉錄本表達譜分析
5 1 引言
5 2 材料和方法
5 2 1 樣本數據集
5 2 2 環形RNA轉錄本序列重構和定量分析
5 2 3 差異表達環形RNA轉錄本的鑒定
5 2 4 GO功能富集和KEGG信號通路分析
5 2 5 miRNA預測和ceRNA網路構建
5 3 結果
5 3 1 人腦膠質瘤樣本中環形轉錄本的概貌
5 3 2 對照樣本和疾病樣本中環形轉錄本的特徵
5 3 3 環形轉錄本差異表達分析
5 3 4 circRNA介導的ceRNA網路
5 4 小結
附錄
附錄1 縮略語
附錄2 小鼠睾丸組織環形RNA內部新的可變剪接事件
附錄3 RT-PCR實驗所用引物信息
附錄4 人類HeLa細胞系中環形RNA內部新的可變剪接事件
附錄5 人類HEK293細胞系中環形RNA內部新的可變剪接事件
附錄6 人類Hs68細胞系中環形RNA內部新的可變剪接事件
附錄7 原雞肌肉組織中環形RNA內部新的可變剪接事件
參考文獻
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