分子數據在物種系統發育中的應用李亞莉著 9787109320017 【台灣高等教育出版社】

Name: 分子數據在物種系統發育中的應用 李亞莉著 9787109320017 【台灣高等教育出版社】
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書名：分子數據在物種系統發育中的應用
ISBN：9787109320017
出版社：中國農業
著編譯者：李亞莉著
頁數：160頁
所在地：中國大陸 *此為代購商品
書號：1665344
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內容簡介

本書以西藏高原3種裂腹魚及部分鯉科魚類的線粒體全基因組數據為例，全面介紹了如何構建系統發育樹並應用PAML程序對ML樹上所有分支進行適應性進化分析，在此基礎上進一步介紹構建cDNA SMART文庫的方法，以及如何應用生物信息學的方法分析EST片段。本書可供高等院校生物科學、生物技術和生物工程等方面的專業技術人員及有關專業師生閱讀使用，也可供相關的科研、技術和管理人員參考使用。

前言
第一章緒論
第一節生物分子資料庫
一、核酸資料庫
二、蛋白質資料庫
三、生物大分子結構資料庫
第二節線粒體基因組研究
一、動物線粒體基因組的基本特徵
二、線粒體基因組的分析方法
三、線粒體基因組的進化特徵
四、DNA條形碼的應用
第三節分子系統發育分析
一、分子序列數據的特點
二、重建系統發育關係
三、分子系統發育分析的常用軟體
第四節適應性進化分析
一、分子進化的中性學說
二、適應性進化檢測的原理和方法
三、基於密碼子水平分析線粒體基因組的選擇壓力
四、適應性進化檢測的常用軟體——CODEML
第五節 cDNA文庫的構建及EST技術的應用
一、SMART cDNA文庫
二、EST技術的應用
三、電子克隆技術及其應用
第六節裂腹魚類的研究概述
一、裂腹魚類的起源、分佈、形態和分類
二、裂腹魚類的演化與青藏高原環境變化的關係
三、裂腹魚類線粒體基因的研究現狀
第二章拉薩裸裂尻魚、異齒裂腹魚和拉薩裂腹魚線粒體全基因組的測定
第一節材料與方法
一、樣品採集
二、實驗儀器與試劑
三、實驗方法
第二節結果與分析
一、線粒體全基因組的結構特徵
二、蛋白質編碼基因
三、tRNA基因
四、rRNA基因
五、D-Loop區
六、密碼子使用分析
七、與其它鯉科魚類線粒體全基因組的比較
第三節討論
第四節小結
第三章用線粒體基因組和RAG2探討鯉科的系統發育關係並估算分歧時間
第一節材料與方法
一、外類群的選擇
二、數據來源
三、數據分析
四、系統發育樹的構建
五、分歧時間估算
第二節結果與分析
一、序列分析
二、系統發育分析
三、分歧時間估算
第三節討論
一、序列變異及其系統發育意義
二、不同構樹方法的比較
三、亞科間的進化分析
四、裂腹魚亞科的分支發生事件
第四節小結
第四章用線粒體全基因組探討裂腹魚類的適應性進化
第一節材料與方法
一、數據來源
二、dN/dS分析
三、正選擇位點檢測
第二節結果與分析
一、鯉科rRNAs & PCGs聯合基因的適應性進化檢測
二、裂腹魚亞科CYTB基因的適應性進化檢測
第三節討論
第四節小結
第五章拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構建、EST測序及生物信息學分析
第一節材料與方法
一、實驗材料
二、實驗儀器與試劑
三、實驗方法
第二節結果與分析
一、總RNA的提取和mRNA分離
二、拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構建和鑒定
三、EST測定及生物信息學分析
第三節討論
一、拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構建
二、EST序列的生物信息學分析
第四節小結
第六章總結與展望
一、本研究的主要結果
二、進一步的研究方向
參考文獻

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