異構基因共表達網絡的分析方法 熊芳 等 9787121464300 【台灣高等教育出版社】

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書名:異構基因共表達網絡的分析方法
ISBN:9787121464300
出版社:電子工業
著編譯者:熊芳 等
頁數:180
所在地:中國大陸 *此為代購商品
書號:1586806
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內容簡介

本書以面向鼻咽癌的LncRNA和mRNA基因共表達網路為主要研究對象和研究背景,基於張量分解工具對異構信息網路的聚類問題進行研究;提出了基於張量的異構信息網路建模方法、一般網路模式的異構信息網路聚類模型、稀疏性約束下的異構信息網路聚類模型、動態異構信息網路中的混合多類型社團發現模型;並在此基礎上利用這些異構信息網路分析方法,深入研究LncRNA和mRNA的表達水平和調控關係,從而為後續鼻咽癌的監測和治療提供依據並奠定基礎。

目錄

第1章 緒論
第2章 基於張量的異構信息網路建模方法
2 1 異構信息網路
2 2 張量代數的基本概念
2 2 1 Hadamard積、Kronecker積和Khatri-Rao積
2 2 2 張量的矩陣化、張量與矩陣的n模乘
2 2 3 內積、外積和Frobenius范數
2 2 4 張量分解
2 3 基於張量的異構信息網路建模
2 4 本章小結
第3章 LncRNA-mRNA基因共表達異構信息網路構建
3 1 引言
3 2 基因共表達網路建模基礎
3 2 1 基因共表達網路的相關概念
3 2 2 異構信息網路的相關概念
3 3 數據採集
3 3 1 臨床樣本採集
3 3 2 組織RNA的提取、cDNA合成與標記
3 3 3 晶元選擇、雜交及圖像採集
3 4 LncRNA-mRNA基因共表達網路構建
3 4 1 基於表達譜的mRNA聚類
3 4 2 鼻咽癌中差異表達LncRNA和mRNA的篩選
3 4 3 差異表達的LncRNA和mRNA的染色體定位富集
3 4 4 LncRNA-mRNA基因共表達網路構建
3 5 LncRNA和mRNA基因共表達模塊發現
3 5 1 共同miRNA結合位點鑒定鼻咽癌中競爭性內源RNA共表達模塊
3 5 2 基於信號通路的LncRNA-mRNA共表達模塊
3 5 3 IPA整合分析獲得核心轉錄調控因子驅動的LncRNA-mRNA共表達模塊
3 6 LncRNA和mRNA基因共表達分析與討論
3 7 本章小結
第4章 基於遺傳演算法的基因共表達網路社團結構發現
4 1 引言
4 2 理論基礎
4 2 1 複雜網路與社團劃分
4 2 2 社團劃分評價指標
4 3 CDGA演算法描述
4 3 1 初始化種群
4 3 2 CDGA演算法中的遺傳運算元
4 4 社團劃分實驗結果與分析
4 4 1 小規模測試網路實驗
4 4 2 真實數據集實驗
4 4 3 本章小結
第5章 基於一般網路模式的鼻咽癌基因共表達網路聚類
5 1 引言
5 2 基於張量分解的聚類框架
5 2 1 基於TUCKER分解的聚類模型
5 2 2 STFClus演算法
5 3 基於TUCKER分解的聚類模型分析
5 3 1 基於TUCKER分解的聚類模型的可行性分析
5 3 2 STFClus的收斂性分析
5 3 3 STFClus的性能分析
5 3 4 STFClus的初始化方法
5 3 5 STFClus的時間複雜度分析
5 4 實驗與結果分析
5 4 1 實驗設置
5 4 2 模擬數據集上的實驗
5 4 3 真實數據集上的實驗
5 5 本章小結
第6章 稀疏性約束下鼻咽癌基因共表達網路聚類
6 1 引言
6 2 稀疏性約束下的LncRNA-mRNA基因共表達網路聚類框架
6 2 1 基於CP分解的LncRNA-mRNA基因共表達網路聚類模型
6 2 2 隨機張量梯度下降演算法
6 3 基於CP分解的聚類模型分析
6 3 1 基於CP分解的聚類模型的可行性分析
6 3 2 隨機張量梯度下降演算法的收斂性分析
6 3 3 利用張量的稀疏性加速運算與時間複雜度分析
6 4 實驗與結果分析
6 4 1 實驗設置
6 4 2 模擬數據集上的實驗
6 4 3 真實數據集上的實驗
6 5 本章小結
第7章 動態異構信息網路中的混合多類型社團發現
7 1 引言
7 2 基於張量分解的混合多類型社團發現框架
7 2 1 基於CP分解的社團發現模型描述
7 2 2 二階隨機張量梯度下降演算法
7 3 基於CP分解的混合多類型社團發現模型分析
7 3 1 動態異構信息網路中新舊對象的更替
7 3 2 SOSComm演算法的在線部署
7 3 3 SOSComm演算法的時間複雜度分析
7 4 實驗與結果分析
7 4 1 實驗設置
7 4 2 模擬數據集上的實驗
7 4 3 真實數據集上的實驗
7 5 本章小結
附錄A 鼻咽癌中差異表達LncRNA基因晶元原始結果
附錄B 鼻咽癌中差異表達mRNA基因晶元原始結果
參考文獻
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