泛癌症啟動子區DNA甲基化組的深度整合分析 劉陽 9787302679622 【台灣高等教育出版社】

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書名：泛癌症啟動子區DNA甲基化組的深度整合分析
ISBN：9787302679622
出版社：清華大學
著編譯者：劉陽
頁數：225
所在地：中國大陸 *此為代購商品
書號：1719168
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內容簡介

啟動子區DNA甲基化標記在基因表達的轉錄調控中有著重要地位，本書根據TCGA的21種癌症的腫瘤組織和配對正常組織的DNA甲基化譜，以及其他支持性的組學數據，在單CpG位點解析度下系統性地探究癌症背景依賴的DNA甲基化紊亂、腫瘤甲基化組異質性，以及啟動子區DNA甲基化和基因表達的關係。本書可供高校和科研院所分子生物學相關專業的科研人員、學生以及相關行業的工程技術人員閱讀和參考。

目錄

第1章 引言
1 1 問題的提出
1 2 選題背景及意義
1 3 文獻綜述
1 3 1 基因組DNA甲基化模式
1 3 2 DNA甲基化的設定、維持和去除
1 3 3 DNA甲基化與基因調控的關係
1 3 4 DNA甲基化與其他表觀遺傳機制的關係
1 3 5 DNA甲基化與癌症等疾病的關係
1 4 研究內容
1 5 本書結構
第2章 數據來源與分析方法
2 1 TCGA數據的收集與處理
2 1 1 數據平台及癌症種類的確定
2 1 2 甲基化數據的處理
2 1 3 基因表達數據的處理
2 1 4 拷貝數目多態性數據的處理
2 1 5 三種數據類型的形式與標籤的統一
2 1 6 泛癌症數據的整合
2 2 基於TCGA數據的進一步分析
2 2 1 差異甲基化分析
2 2 2 差異表達分析
2 2 3 TCGA樣本的純度數據來源
2 3 外部數據的收集與處理
2 3 1 鹼基保守性數據的收集與處理
2 3 2 染色質免疫共沉澱測序數據的收集與處理
2 3 3 DNaseⅠ測序數據的收集與處理
2 3 4 組蛋白修飾數據的收集與處理
2 3 5 與甲基化有關的特徵數據的收集與處理
2 3 6 基因組重複序列
2 3 7 與染色質有關的特徵數據的收集與處理
2 4 數據的關聯性分析
2 4 1 相同數據或可比數據的相關性分析
2 4 2 不可比數據的相關性分析
2 4 3 集合的相似性
2 4 4 轉錄調控網絡的構建
2 4 5 使用互信息來度量兩組數據的關聯性
2 5 數據的聚類、降維
2 5 1 距離的計算
2 5 2 聚類分析
2 5 3 層次聚類的可視化與聚簇劃分
2 5 4 聚類效果評估及聚簇數目選擇
2 5 5 數據降維
2 6 數據可視化
2 6 1 Circos圖可視化
2 6 2 熱圖和樹狀圖
2 6 3 相關矩陣的可視化
2 6 4 三維圖可視化
2 6 5 提琴圖可視化
2 6 6 雷達圖可視化
2 6 7 韋恩圖可視化
2 7 基因特徵註釋與DNA模體檢索
2 7 1 基因特徵註釋
2 7 2 模體數據來源及檢索
2 7 3 MEME軟體
2 7 4 FIMO軟體
2 7 5 HOMER軟體
2 8 功能註釋與功能富集
2 8 1 轉錄因子基因的來源與分類
2 8 2 癌症相關基因的來源
2 8 3 對基因列表進行富集
2 8 4 基因本體與生物學通路富集
2 8 5 對基因進行分類
2 9 臨床資料處理和生存分析
第3章 基於啟動子區DNA甲基化位點的研究
3 1 同一基因的不同CpG位點的模式
3 1 1 同一基因的不同CpG位點的相似性與差異性
3 1 2 同一基因的不同CpG位點組的分析
3 1 3 同一基因的CpG位點聚類的跨癌症比較
3 2 癌症相關基因的甲基化模式的相似性
3 3 啟動子區DNA甲基化組的變異
3 3 1 啟動子區DNA甲基化組的變異程度在不同癌症中的分佈不同
3 3 2 啟動子區DNA甲基化組變異程度的跨癌症比較
3 4 高變異啟動子區CpG位點的跨癌症比較與生物學意義
3 4 1 高變異啟動子區CpG位點的跨癌症比較
3 4 2 高變異啟動子區CpG位點所屬基因的功能註釋與富集
3 4 3 高變異啟動子區CpG位點集中在轉錄因子基因
3 5 DNA甲基化和拷貝數目多態性對基因表達水平的影響的關係
3 5 1 啟動子區DNA甲基化與基因表達的相關性
3 5 2 拷貝數目多態性與基因表達的相關性
3 5 3 拷貝數目多態性高變異基因的功能註釋與富集
3 5 4 DNA甲基化與拷貝數目多態性對基因表達的互補影響
3 5 5 BRCA中基因表達的兩種調控模式的互補影響示例
3 6 基於啟動子區DNA甲基化的癌症種類比較
第4章 基於啟動子區DNA甲基化組的泛癌症腫瘤重聚類
4 1 泛癌症甲基化相關矩陣初探
4 2 對於聚類位點的選擇
4 2 1 選擇泛癌症變異程度最大的CpG位點
4 2 2 選擇合適的CpG位點數目
4 2 3 去除性染色體CpG位點
4 3 聚類方法與距離的確定
4 3 1 層次聚類中距離的度量和聚類算法的確定
4 3 2 K均值方法聚類的嘗試
4 4 聚簇數目的確定
4 4 1 方法一：輪廓寬度法
4 4 2 方法二：分裂圖
4 4 3 方法三：甲基化譜穩定原則
4 4 4 方法四：癌症亞型的數目
4 5 泛癌症聚類分析的聚簇比較
4 5 1 不同聚簇的癌症樣本組成
4 5 2 不同聚簇的甲基化缺失值的比較
4 5 3 不同聚簇的低表達基因數的比較
4 5 4 不同聚簇的樣本純度比較
4 5 5 不同聚簇的輪廓寬度比較
4 6 其他可視化方法
4 7 每個聚簇的特徵CpG位點的鑒別和生物學意義分析
4 7 1 特徵CpG位點的鑒別
4 7 2 特徵CpG位點的功能富集分析
4 8 與基於二重聚類的泛癌症多組學研究的聚簇結果的比較
4 9 基於泛癌症DNA甲基化組聚類分析的癌症類型匯聚
4 10 基於泛癌症DNA甲基化組聚類分析的癌症亞型區分
4 10 1 不同癌症亞型的樣本純度比較
4 10 2 不同癌症亞型
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