R實戰-系統發育樹的數據集成操作及可視化 (全彩) 余光創 9787121451829 【台灣高等教育出版社】

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書名：R實戰-系統發育樹的數據集成操作及可視化 (全彩)
ISBN：9787121451829
出版社：電子工業
著編譯者：余光創
頁數：263
所在地：中國大陸 *此為代購商品
書號：1514268
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內容簡介

本書系統地介紹使用treeio、tidytree、ggtree和ggtreeExtra等R軟體包操作系統發育樹的全套流程，包括對樹文件的解析，以及樹與其相關數據的操作、整合、可視化等內容。 本書由余光創撰寫，旨在為系統發育樹的操作與呈現提供指導。如果讀者需要進行系統發育樹的相關操作，卻又覺得無從下手，那麼這本書會提供很大的幫助。關於系統發育樹的大部分問題，都能在本書中找到答案。

作者簡介

餘光創，畢業於香港大學公共衛生學院，獲得生物信息學博士學位。南方醫科大學基礎醫學院教授，現任生物信息學繫系主任。連續兩年（2020-2021）入選愛思唯爾「中國高被引學者」，入選全球前2%頂尖科學家榜單「年度科學影響力」排行榜（2020-2022）和「終身科學影響力」排行榜（2021-2022）。

目錄

第1篇 樹數據的輸入/輸出及操作
第1章 導入帶有數據的樹文件
1 1 系統發育樹構建概述
1 2 系統發育樹文件格式
1 2 1 Newick樹文件
1 2 2 NEXUS格式
1 2 3 NHX格式
1 2 4 Jplace格式
1 2 5 利用軟體輸出文件
1 3 使用treeio導入樹及相關數據
1 3 1 treeio簡介
1 3 2 treeio解析函數演示
1 3 3 將其他樹形對象轉換為phylo對象或treedata對象
1 3 4 從treedata對象中獲取信息
1 4 總結
1 5 本章練習題
參考文獻
第2章 操作含有關聯數據的樹
2 1 使用tidy介面操作樹數據
2 1 1 phylo對象
2 1 2 treedata對象
2 1 3 訪問相關節點
2 2 數據整合
2 2 1 整合樹數據
2 2 2 將外部數據關聯到系統發育樹
2 2 3 對分類單元進行分組
2 3 重新設定樹的根節點
2 4 重新調整分支標尺
2 5 對包含數據的樹取子集
2 5 1 刪除系統發育樹中的葉節點
2 5 2 通過葉節點標籤對樹取子集
2 5 3 通過內部節點編號對樹取子集
2 6 操作樹數據以進行可視化
2 7 總結
2 8 本章練習題
參考文獻
第3章 導出含有數據的樹
3 1 簡介
3 2 將樹數據導出為BEAST Nexus格式的文件
3 2 1 軟體輸出文件的導出與轉換
3 2 2 將樹與外部數據結合
3 2 3 合併不同來源的樹數據
3 3 將樹數據導出為jtree格式的文件
3 4 總結
3 5 本章練習題
參考文獻
第2篇 樹數據的可視化及註釋
第3篇 ggtree拓展包
第4篇 雜項
附錄A 常見問題
附錄B 相關工具
附錄C 練習題答案

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